เนื้อเรื่องของเอ็มเอสอิกลูนั้นอยู่ในช่วงสงครามหนึ่งปีซึ่งเป็นเวลาเดียวกับโมบิลสูทกันดั้ม โดยมีศูนย์กลางของเรื่องอยู่ที่หน่วยทดสอบอาวุธที่ 603ของอาณาจักรซีอ้อน หน่วย603ต้องทำหน้าที่ทดสอบและวัดความคุ้มค่าของอาวุธต่างๆ ซึ่งเอ็มเอสอิกลูทั้งหกตอนนั้นจะมีเครื่องกลและนักบินที่เป็นตัวเอกเปลี่ยนไปในแต่ละตอน โดยมีโอลิเวอร์ มาย วิศวกรผู้สังเกตการณ์เป็นเหมือนผู้เล่าเรื่องจนถึงตอนสุดท้ายของภาคอโพคาลิป 0079จึงเป็นตัวเอกเสียเอง

แม้จะเป็นเรื่องในกันดั้มซีรีส์ แต่กันดั้มได้ปรากฏตัวในเอ็มเอสอิกลูเพียงฉากวิดีโอสั้นๆในตอนที่สามของภาคบันทึกลับสงครามหนึ่งปีเท่านั้น